Şase locuri au rămas neocupate după termenul limită dat de FRF pentru înscrierea echipelor din Liga 3. Acestea vor fi ocupate de patru echipe care retrogradaseră iar altele două sunt sateliți ai cluburilor din Liga 1.

Cluburile de Liga 1 CFR Cluj și Campionii FC Argeș și-au înființat echipe secunde și le vor înscrie în noul sezon de Liga 3, ediția 2021-2022, programat să înceapă la data de 28 august 2021. Anunțul a fost făcut de președintele FRF Răzvan Burleanu, în urma ședinței de Comitet Executiv, în care a fost aprobată lista celor 100 de cluburi care vor participa în noul sezon de Liga 3.

Dintre cele 100 de cluburi care și-au câștigat pe teren dreptul de a evolua în ediția 2021-2022 de Liga 3, doar 94 au și depus dosarul de înscriere. Pe cele șase locuri rămase vacante au fost primite patru echipe dintre cele opt retrogradate din Liga 3. Au retrogradat  Bradu Borca, CS Făurei, CS Balotești, Universitatea Craiova 2, Minerul Costești, Industria Galda, FC Hermannstadt 2 și Fortuna Becicherecu Mic şi au fost reprimite CS Făurei, Universitatea Craiova 2, FC Hermannstadt 2 și Minerul Costești. Celelalte două locuri au fost ocupate cu satelitul echipelor CFR Cluj și Campionii FC Argeș.